El Consejo Nacional de Educación Superior (CONES), creado por Ley Nº 4.995/ 13 de Educación Superior, aprueba programas de maestrías y especializaciones de la Facultad de Ciencias Económicas UNE. El Consejo Nacional de Educación Superior (CONES), es la encargada de establecer la apertura de las filiales, carreras o programas de posgrados de las universidades públicas y privadas, el Consejo Nacional de Educación Superior, se encuentra en funcionamiento, como Órgano Rector de la implementación de la Educación Superior, a partir del 01  de noviembre del 2013, tal como lo dispone la Ley 4.995/13.

Programas de especialización y maestría habilitados según resolución emanadas por el Consejo Nacional de Educación Superior (CONES)

• Resolución Nº 94/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Maestría en Gestión Ambiental de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.
• Resolución Nº 97/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Especialización en Auditoría y Control de Gestión de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.
• Resolución Nº 98/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Maestría Administración de Empresas de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.
• Resolución Nº 99/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Maestría en Auditoria y Control de Gestión de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.
• Resolución Nº 102/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Maestría en Gerenciamiento Deportivo de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.  
• Resolución Nº 104/2015 Por la cual se aprueba la habilitación del Programa Especialización en Finanzas con énfasis de Proyectos de Inversión de la Universidad Nacional del Este, en la sede central.